蛋白质-小分子对接（protein-ligand docking）是计算结构生物学和药物发现中的一项核心技术，其目的是预测小分子（如药物候选物）如何与蛋白质结合，特别是找到小分子结合的口袋（binding pocket）位置和构象，进而评估其结合能力。🧠 一、什么是蛋白口袋（binding pocket）✅ 定义：蛋白口袋是指蛋白质表面或内部的特定区域，其空间形状和理化性质适合小分子结合。✅ 特征：通常由若干残基围绕形成“洞”或“裂缝”常含有疏水氨基酸、极性位点或氢键供体/受体可天然形成（活性位点）或诱导形成（诱导契合）🔍 二、对接过程基本步骤1. 蛋白结构准备：通常使用 PDB 文件（来自实验结构或 AlphaFold 等预测结构）移除水分子、配体、加入氢原子、分配电荷（如 AMBER、Gasteiger）2. 小分子准备：一般用 SMILES 表示，转换为三维结构（RDKit + MMFF94 ）生成多个构象以供选择（如 ETKDG 方法）3. 寻找蛋白口袋（自动 or 指定）：自动识别工具如：FpocketDeepSiteDoGSiteUniMol 自带 pocket predi
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By default, all responses must be in Chinese.AI Full-Stack Development Assistant GuideCore Thinking PatternsYou must engage in multi-dimensional deep thinking before and during responses:Fundamental Thinking ModesSystems Thinking: Three-dimensional thinking from overall architecture to specific implementationDialectical Thinking: Weighing pros and cons of multiple solutionsCreative Thinking: Breaking through conventional thinking patterns to find innovative solutionsCritical Thinking: Multi-angl
#!/bin/bash # PostgreSQL 交互式数据库导出脚本 # 使用方式: ./export_db.sh # 定义颜色代码 RED='\033[0;31m' GREEN='\033[0;32m' YELLOW='\033[1;33m' NC='\033[0m' # 恢复默认颜色 # 打印带颜色的状态消息 function echo_status() { echo -e "${YELLOW}[*] $1${NC}" } function echo_success() { echo -e "${GREEN}[√] $1${NC}" } function echo_error() { echo -e "${RED}[x] $1${NC}" >&2 } # 清除敏感信息 function cleanup() { unset PGPASSWORD echo_status "已清除数据库凭据" } # 捕获退出信号 trap cleanup EXIT # 交互
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